La cofradía se inició por el año 1954 con cuarenta y seis penitentes, todos ellos eran jóvenes decididos a formar un grupo procesional que acompañase a la imagen de la “Virgen de los Dolores”.
La imagen se debe al escultor Antonio García Mengual, de Murcia. Este muestra una clara inspiración mediterránea y la influencia del maestro de la imaginería barroca Salzillo.
En el rostro de “San Juan” se pueden apreciar rasgos gitanos que expresa la ternura de un niño y en su mirada de hombre todo un sentimiento de amor hacia aquel que muere en la Cruz por la salvación del mundo. Con el brazo extendido y su dedo alzado nos interpela a que nos fijemos en la pena de Jesús y el dolor de su madre.
La imagen viste túnica verde con adornos en oro y manto rojo que recoge en su brazo para caminar con paso decidido por las calles del pueblo acompañando a la “Virgen Dolorosa”. El cromatismo de su indumentaria y los pliegues sobre su cuerpo delatan la escuela de su artífice.
En sus orígenes, los penitentes desfilaban con traje compuesto de capa roja, vesta y capuchón verde en el que estaba bordada el águila, emblema de San Juan Evangelista. Pasados algunos años a causa del aumento del número de cofrades se sustituyó la vestimenta por túnica y capuchón blancos y capa amarilla, desapareciendo también el bordado del emblema.
La escultura de San Juan fue pagada inicialmente por Bautista Murcia, y su coste fue de unas 7.000 pesetas.
Muchos son los gastos que conlleva el conseguir que una cofradía pueda sacar a la calle a su imagen. Se necesita un trono donde situarla, unos brazos de luces que iluminen el rostro, el arreglo floral… Por lo que se aliaron la religión y la cultura y formaron una compañía teatral para sufragar los costes, con la que llevaron a escena obras como “El Genio Alegre”, “ Los Intereses Creados”… todas ellas de gran éxito.
Después de varios años sin procesionar, hubo un grupo de personas que volvieron a poner en activo a la Cofradía. Se cambiaron los trajes, vestas blancas con botones amarillos, capa y capirotes amarillos. Este cambio fue debido a que los trajes anteriores se encontraban en mal estado.
Volvieron años de inactividad, pero en 1986, y gracias al párroco de Rafal en esta época, D. Joaquin Rodes Roca, y a un grupo de jóvenes, la Cofradía volvió a resurgir. Restauraron la imagen de “San Juan”, que estaba muy deteriorada, recogieron el trono de sus inicios, lo arreglaron y salieron en la procesión de Sábado Santo de ese mismo año.
Al año siguiente se formó un grupo más numeroso, la Cofradía de la “Virgen de los Dolores” regaló su trono, y de nuevo “San Juan” pudo procesionar en la Semana Santa de Rafal.
A partir de ahí se establece una Junta Directiva, presidida por Francisco Salazar García. Se fueron a Beniel y compraron brazos nuevos para el trono y al año siguiente se hicieron los blandones con los que actualmente se procesiona.
Poco a poco la Cofradía iba aumentando en número de cofrades e iba realizando mejoras.
Ya en el año 2000 se decidió, después de una Junta general de cofrades, y siendo presidente de la Cofradía David Baeza Rodriguez, cambiar los trajes existentes por los originales.
En el año 2.001 se compró un nuevo trono, ya que el existente de hallaba en mal estado.
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